El Consejo Universitario de la UNAN-Managua es el máximo órgano de gobierno de la Universidad. Está integrado por 32 miembros, presidido por la rectora MSc. Ramona Rodríguez Pérez. Sus miembros plenos para el período 2018-2022 son:
| Nombres | Cargo | Unidad académica |
|---|---|---|
| MSc. Ramona Rodríguez Pérez | Rectora | Rectorado |
| MSc. Jaime Francisco López Lowery | Vicerrector General | Rectorado |
| Dr. Luis Alfredo Lobato Blanco | Secretario General | Rectorado |
| Dra. Maribel Avendaño | Vicerrectora de Investigación | Rectorado |
| MSc. Sonia Orozco | Vicerrectora Administrativa y de Gestión | Rectorado |
| Dr. Hugo Alberto Gutiérrez Ocón | Vicerrector de Docencia | Rectorado |
| MSc. José David García | Vicerrector de Asuntos Estudiantiles | Rectorado |
| Dr. Freddy Alberto Meynard Mejía | Decano | Facultad de Ciencias Médicas |
| MSc. Marlon Leonel Díaz Zúniga | Decano | Facultad de Ciencias e Ingeniería |
| MSc. Alejandro Enrique Genet Cruz | Decano | Facultad Educación e Idiomas |
| MSc. Ligia Martínez Castillo | Decana | Facultad de Humanidades y Ciencias Jurídicas |
| MSc. Elsie del Carmen López Lowery | Decana | Facultad de Ciencias Económicas |
| Dr. Juan Francisco Rocha López | Director | Instituto Politécnico de la Salud (POLISAL) |
| Dr. Gerardo Raúl Arévalo Cuadra | Decano | FAREM-Carazo |
| MSc. Julio César Abaunza Flores | Decano | FAREM-Chontales |
| MSc. Nubia Aracelly Barreda Rodríguez | Decana | FAREM-Estelí |
| MSc. Martha del Socorro González Altamirano | Decana | FAREM-Matagalpa |
| MSc. Roberto Enrique Flores Díaz | Secretario General | SIPDES-ATD |
| MSc. Crisálida Cordero Moraga | Secretaria de Org. Com. Actas y Acuerdos | SIPDES-ATD |
| Lic. Rafael Adolfo Rodríguez Rocha | Secretario General | SITRA |
| Br. Allan Daniel Martínez Molina | Presidente Estudiantil (UNEN) | UNEN/UNAN-MANAGUA |
| Bra. Iris Valeria Cruz Martínez | Presidente Estudiantil (UNEN) | UNEN-RURD |
| Br. Humberto José Vanegas Torres | Presidente Estudiantil (UNEN) | Facultad de Ciencias Médicas |
| Br. Jhowin Alberto Silva Mairena | Presidente Estudiantil (UNEN) | Facultad de Ciencias e Ingeniería |
| Br. Jairo Ivan Palacios López | Presidente Estudiantil (UNEN) | Facultad de Educación e Idiomas |
| Br. Mario José Armengol Campos | Presidente Estudiantil (UNEN) | Facultad de Humanidades y Ciencias Jurídicas |
| Br. Eduardo José Gómez González | Presidente Estudiantil (UNEN) | Facultad de Ciencias Económicas |
| Br. Iván Antonio Díaz Blandino | Presidente Estudiantil (UNEN) | POLISAL |
| Br. Juan Emilio Robleto Norori | Presidente Estudiantil (UNEN) | FAREM-Carazo |
| Br. Scarleth del Socorro Pichardo Mendoza | Presidente Estudiantil (UNEN) | FAREM-Chontales |
| Br. Francisco de Jesús Palacios Toruño | Presidente Estudiantil (UNEN) | FAREM-Estelí |
| Br. Julio Antonio Herrera | Presidente Estudiantil (UNEN) | FAREM-Matagalpa |