De acuerdo la Ley 89, de autonomía de las instituciones de educación superior, la organización y gobierno de las universidades estarán constituidas por Facultades, Departamentos docentes, Centros Regionales e Institutos y Centros de Investigación.
Atendiendo al artículo 13 de la referida ley, los órganos de gobierno de nuestra institución son:
El Consejo Universitario es el máximo órgano de gobierno de la Universidad; está presidido por el Rector, e integrado por el Vicerrector General, los Decanos de Facultad, el Secretario General, que actúa como Secretario del mismo, los presidentes de la Unión de Estudiantes de Nicaragua (UNEN), dos representantes de la Asociación de Trabajadores Docentes y el Secretario General del Sindicato de Trabajadores no Docentes.
El gobierno y administración general de la Universidad está a cargo del Rector, quien es la autoridad académica y ejecutiva superior de la misma. Es el representante legal de la institución y ejecutor de los acuerdos del Consejo Universitario, el cual preside.
El Vicerrector General debe llenar los mismos requisitos que se exigen para el cargo de Rector. Es electo mediante el sistema de sufragio por un período de cuatro años, pudiendo ser reelecto. Cumple con las funciones asignadas por el Rector y lo reemplazará en caso de falta temporal, asumiendo el cargo con todas las funciones que le corresponden.
Es el órgano oficial de comunicación de la Universidad. Convoca y asiste a las reuniones de Consejo Universitario con voz y voto, autorizando las actas respectivas. Expide y certifica los documentos solicitados por la Universidad, ejerce la custodia del archivo de la institución y de los sellos de la misma. Dirige y coordina el Registro Académico Estudiantil.
Es un órgano consultivo integrado por el Rector, que la preside, el Vicerrector General, los Vicerrectores, el Secretario General, que funge como secretario de la Asamblea, los Consejos de Facultad, los profesores titulares y asistentes, el Presidente de UNEN, los directivos de asociaciones estudiantiles, un representante estudiantil por cada año según el plan de estudio y los comités ejecutivos de la Asociación de Trabajadores Docentes y del Sindicato de Trabajadores no Docentes. Se reúne ordinariamente una vez al año, y extraordinariamente, cuando la convoque el Consejo Universitario.
Está integrado por el Decano, quien lo preside, el Vicedecano, el Secretario de Facultad, el Presidente estudiantil de la Facultad, dos representantes de la Asociación de Trabajadores Docentes y un representante del Sindicato de Trabajadores no Docentes.
Son la máxima autoridad académica y ejecutiva de la Facultad, la representan en sus relaciones con otras autoridades y por delegación ante los particulares.